在新冠肺炎疫情应对中，冯子健同志先后四次赴武汉，在汉工作100余天，数次深入一线，为“武汉保卫战”的胜利做出重要贡献。

　　冯子健同志同时担任中国疾控中心应急作业主管，领导和推进中心各项应对工作有序开展，对全国疫情防控工作进行技术指导。该同志长期从事卫生应急和疫情防控，凭借丰富的流行病学和现场工作经验，精准判断疫情趋势并提出防控建议。在2月下旬，他提出未来国内可能发生严重流行风险，即开始推进做好各项应对准备工作，随后组织制定《新型冠状病毒肺炎防控方案》《新冠肺炎大流行严重情形应对准备措施》《我国新冠肺炎疫情常态化阶段的风险与对策建议的报告》等多项重要技术方案；多次参加重要工作会议，研判疫情形势、提出防控策略和措施的建议，发挥了重要的专家作用；作为中国疾控中心主要专家之一，多次接受媒体采访，向公众传递疫情信息和健康知识。